Biopsję skóry przeprowadza się w znieczuleniu miejscowym. Skórę znieczula się na krótko preparatem na bazie lidokainy lub zamraża. W zależności od wskazań, biopsja powinna obejmować zmianę chorobową lub skórę pozornie niezmienioną. Wycinek skóry pobiera się specjalną jednorazową sztancą o średnicy od 2 do 6 mm lub skalpelem. W trakcie pobierania wycinka skóry pacjent może leżeć lub siedzieć, w zależności od miejsca, które jest poddawane zabiegowi. Po zabiegu zakłada się opatrunek hemostatyczny lub szwy. Procedura trwa przeciętnie kilka minut i nie wymaga szczególnego przygotowania. Po jej przeprowadzeniu pacjent może od razu wrócić do codziennych aktywności.

Biopsja skóry jest zabiegiem bezpiecznym. Niekiedy po zabiegu mogą wystąpić: ból okolicy poddanej biopsji łagodzony standardowymi preparatami przeciwbólowymi np. paracetamol, krwawienie z miejsca zabiegu, infekcja bakteryjna rany pozabiegowej, niedoczulica wywołana przecięciem włókien czuciowych (może utrzymywać się przez kilka miesięcy).